É o trecho mais crítico do rio. É onde se observa maior desmatamento de suas margens, e maior assoreamento. É, também, a região onde encontram-se fábricas de celulose e cana-de-açúcar, que produzem açúcar e álcool. O Baixo Parnaíba apresenta uma largura que varia entre 300 metros no seu trecho inicial, alcançando até 600 metros em Luzilândia, e mantendo esta largura até a foz. Neste trecho começam a aparecer as "coroas", oriundas do alargamento do rio. As cachoeiras desaparecem e as ilhas, em face do espraiamento, tornam-se mais numerosas.